Projevy podobnými CFS se mohou manifestovat i některé další stavy, které je třeba vyloučit, a to např.:
- nádorové onemocnění
- autoimunitní onemocnění (myasthenia gravis, roztroušená skleróza)
- infekce
- endokrinní poruchy
- psychické poruchy
- nežádoucí účinky některých léků, abusus drog
- některé chronické choroby plic, srdce, zažívacího traktu, jater, ledvin či krve
- alergie